Прикладные программные пакеты


Вспомогательное ПО

Компиляторы

MPI

Средства анализа эффективности

Библиотеки

 

Modules

На вычислительной системе Ломоносов установлена система модульной конфигурации окружения Modules. Теперь некоторые программные пакеты будут доступны через использование команды module. Вы также можете настроить свои программные пакеты для использования в системе Modules.

Система модульной конфигурации окружения Modules обеспечивает динамическую конфигурацию окружения пользователя посредством использования данных из файла modulefiles. Каждый modulefile содержит информацию, необходимую для настройки оболочки для приложения. Как только пакет модулей инициализируется, конфигурация окружения может быть изменена динамически для каждого модуля с помощью модуля команды, которая интерпретируется из modulefiles. Обычно, modulefiles содержит данные о том что необходимо изменить или установить в оболочке или переменных окружения, таких как PATH, MANPATH и т.д. modulefiles может быть использован совместно многими пользователями в системе; также пользователи могут иметь свою собственную коллекцию, дополняющую или заменяющую общие данные из modulefiles.

Полная документация по системе Modules: http://modules.sourceforge.net/

Доступен на: Суперкомпьютер "Ломоносов"

 


Пакет Abinit 

Abinit — свободное программное обеспечение, распространяемое по GNU General Public License3 и предназначенное для расчётов полной энергии, электронной плотности и т. д. систем электронов и ядер (с использованием периодических граничных условий) в рамках метода функционала плотности с использованием базиса из плоских волн и псевдопотенциалов.
Abinit позволяет оптимизировать геометрию системы минимизируя силы или напряжения, проводить молекулярно-динамическое моделирование, вычислять распределение электронной плотности, определять динамическую матрицу, эффективный заряд и многое другое.
 
 
Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить окружение для работы с пакетом можно следующими командами:

module load abinit/7.6.2-cuda

или

module load abinit/7.6.2-mpi-openmp
Используйте раздел  gpu для работы с этим пакетом.
Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/abinit.
Обе версии собраны с поддержкой Intel MPI.
 

Программа установлена на Суперкомпьютер "Чебышёв" (/home/software/abinit-6.4.3-intel-mvapich/)

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля abinit/7.10.5

Сайт: http://www.abinit.org/


Пакет Amber 

Assisted Model Building with Energy Refinement

"Amber" refers to two things: a set of molecular mechanical force fields for the simulation of biomolecules (which are in the public domain, and are used in a variety of simulation programs); and a package of molecular simulation programs which includes source code and demos.
Amber is distributed in two parts: AmberTools12 and Amber12. You can use AmberTools12 without Amber12, but not vice versa. 

Версия: 12

Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить окружение для работы с пакетом можно следующими командами:
module load amber/mpi или module load amber/cuda
Обе версии собраны с поддержкой Intel MPI.

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/amber.

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов-2" (/opt/ccoe/amber12-cuda)

Сайт: http://ambermd.org/


Пакет CP2K

CP2K - программа для моделирования атомных и молекулярных взаимодействий в твёрдых, жидкий, газовых и биологических системах.
 
Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить окружение для работы с пакетом можно следующими командами:

module load cp2k

Используйте раздел  gpu для работы с этим пакетом.

Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/cp2k.
 
Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля cp2k/3.0

Пакет для моделирования физики и химии твёрдых сред.

Тут - страница программы в Интернете.

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/crystal09/bin/Linux-ifort-11.1_emt64/v1_0_1)

В данный момент программа недоступна, мы исправим это.

Пример запуска программы:

  • cp myinputfile INPUT - копируем "INPUT desk"
  • sbatch -p test  -N 4 --ntasks-per-node=8 ompi /opt/crystal09/bin/Linux-ifort-11.1_emt64/v1_0_1/MPPcrystal - запуск задания в параллельном режиме через очередь test на 4 узла по 8 процессоров на каждом.

Важно! В mpienv текущей версией mpi должен быть установлен openmpi-1.4.


Пакет FireFly (PC-GAMESS)

  Доступен на: Суперкомпьютер "Чебышёв" (/home/software/FF, /home/software/FF.QMMM, /home/software/FF8)

  Для работы с пакетом НЕОБХОДИМА лицензия. Даже если у вас она уже есть, обратитесь к автору программы (А.Грановскому) и запросите разрешение работать на суперкомпьютере. После получения разрешения, вам будет открыт доступ к программе.

  При запуске обязательно указывайте полный путь к входным и выходным файлам, а также временный файл, например так: -i /home/user/myinput.inp -o /home/user/myoutput.out -t /tmp/ffx

  Подробнее о FireFly читайте тут.

  Перед запуском FireFly необходимо выбрать среду mvapich-gcc-i586 командой mpi-selector. После выбора среды необходимо заново открыть ssh-сессию.


Пакет FlowVision

Пакет предназначен для выполнения большого числа расчётов, связанных с моделированием, обтеканием, горением и другими сложными процессами. Подробнее - на сайте программы.

Тут - описание запуска программы на суперкомпьютере "Чебышёв".

  Доступен на: Суперкомпьютер "Чебышёв".

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов-2" (/opt/software/)


Пакет Gromacs

 

GROMACS - пакет для решения задач молекулярной динамики, например, решения урвнений Ньютона для движения систем от сотен до миллионов частиц.

 

Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить окружение для работы с пакетом можно следующими командами:

module load gromacs/4.6.5-gpu

Используйте раздел  gpu для работы с этим пакетом.

Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/gromacs.
Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов". 
 
Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля gromacs/5.1.1 
 

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) — свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий. Пакет может применяться для крупных расчетов (до десятков миллионов атомов). Для работы на многопроцессорных системах используется интерфейс MPI. Пакет распространяется по лицензии GPL и доступен в виде исходных кодов, а также в виде скомпилированных пакетов для Microsoft Windows.

Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить окружение для работы с пакетом можно следующими командами:

module load lammps-cuda

Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/lammps.

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля lammps-cuda ​ 

Сайт: http://lammps.sandia.gov/

 

Пакет magma

The MAGMA project aims to develop a dense linear algebra library similar to LAPACK but for heterogeneous/hybrid architectures, starting with current "Multicore+GPU" systems.

The MAGMA research is based on the idea that, to address the complex challenges of the emerging hybrid environments, optimal software solutions will themselves have to hybridize, combining the strengths of different algorithms within a single framework. Building on this idea, we aim to design linear algebra algorithms and frameworks for hybrid manycore and GPU systems that can enable applications to fully exploit the power that each of the hybrid components offers.

Версия: 1.3.0

Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить окружение для работы с пакетом можно следующими командами:

module load magma/1.3.0

Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/magma.

Компиляция программ

Для компиляции программ можно использовать либо скрипты magma_icc_comp/magma_icc_link соответственно для создания объектных и исполняемых файлов, либо компилятор icc с указанным ниже набором ключей (только на узле compiler).

Пример использования magma_icc_comp и magma_icc_link

magma_icc_comp -O3 -c test2.cpp -o test2.o
magma_icc_link test2.o -o magma_solve.out

Аналогичные действия с помощью компилятора icc

icc -O3 -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DHAVE_CUBLAS -DMIN_CUDA_ARCH=200 -c test.cpp -o test.o
icc -fPIC -Xlinker -zmuldefs -DGPUSHMEM=200  test.o  -o a.out  -lmagma -lmagmablas -lmagma  -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lpthread -lcublas -lcudart -lm -openmp

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля magma/1.7.0  

Сайт: http://icl.cs.utk.edu/magma/


Пакет Materials Studio

В данный момент пакет недоступен по причине окончания срока лицензии.

Пакет доступен ТОЛЬКО сотрудникам МГУ имени М.В.Ломоносова.

Запуск проекта в командной строке: sbatch -N 2 --ntasks-per-node=2 /opt/Accelrys/ms /opt/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh -np 4 ProjectName

Адрес сервера лицензий: lmgr1.lomonosov.parallel.ru

Доступен на:   Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/MS)

Сайт: http://accelrys.com/products/collaborative-science/biovia-materials-studio/


Пакет Molpro

Molpro - система для расчётов молекулярной электронной структуры ab initio.

На суперкомпьютере "Ломоносов" программа установлена в каталог /opt/software/molpro/.

Документаци доступна на офмциальном сайте программы: https://www.molpro.net/info/2012.1/doc/manual/

Версия: 2010.1

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Сайт: http://www.molpro.net/


Пакет NAMD

NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) — бесплатная программа для молекулярной динамики, написанная с использованием модели параллельного программирования Charm++, обладающей высокой эффективностью распараллеливания и часто используемой для симуляции больших систем (миллионы атомов). Программа была создана совместно Группой Теоретической и Вычислительной Биофизики (TCB) и Лабораторией параллельного программирования (PPL) из Иллинойсского университета в Урбане и Шампейне.

Программа была анонсирована в 1995 г Нэльсоном и др.[1] как параллельная программа для молекулярной динамики, включающая интерактивное моделирование, связанное с программой визуализации VMD. Программа поддерживает мультипроцессорность, возможность использовать для расчетов графические процессоры (технология CUDA).

Версия: 20120718

Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить
окружение для работы с пакетом можно следующими командами:

module load namd

или

module load openmpi/1.5.5-icc

module load namd-mpi

Используйте партицию gpu для работы с этим пакетом. MPI-версия пакета собрана с OpenMPI.

Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/namd.

Подробные инструкции по работе с NAMD на GPU https://www.nvidia.com/object/gpu-accelerated-applications-namd.html

Результаты тестирования производительности пакета NAMD на суперкомпьютере "Ломоносов" и сравнение с Cray XE6 доступно по ссылке

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля namd/2.11 либо namd/2.11-cuda 

Сайт: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

 


Пакет netCFD 4.1.3

NetCDF (network Common Data Form) - набор интерфейсов для доступа к массивам научных данных и свободно распространяемыые библиотеки для С, Фортран, С++, Java и других языков. Библиотеки netCDF поддерживают машинно-независимое представление данных. Сайт проекта: http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/

Настроить окружение для работы с пакетом можно следующими командами:
module load intel; module load impi

Доступен на:  Суперкомпьютер "Ломоносов"


Пакет NWChem

Назначение пакета NWChem - обеспечить своих пользователей высоко масштабируемыми средствами вычислительной химии, которые способны эффективно решать большие научные задачи вычислительной  химии вне зависимости от имеющихся параллельных вычислительных ресурсов от высокопроизводительных параллельных суперкомпьютеров до кластеров из обычных рабочих станций.

NWChem программное обеспечение может решать задачи связанные с вычислениями
  • Биомолекул, наноструктур, и твердотельные состояния
  • Квантовых и классических моделей, и любые их комбинации
  • Гауссовских базисных функций или плоских-волн
  • с масштабируемостью от одного до нескольких тысяч процессоров
  • Свойства и относительность вычислямых структур

Развитие NWChem ориентировано на предоставление своим пользователям новых важнейших научных возможностей  в области кинетики и динамики химических превращений, химии в граничных и в конденсированной фазе, и создании благоприятных инновационных и комплексных исследований. Дальнейшее развитие NWChem, необходимо связать с эффективным использованием вычислительных систем в  десятки петафлопс и выше.

Настроить окружение для работы с пакетом можно командой:
module load nwchem-VER

Здесь VER - вариант сборки NWChem, для получения списка вариантов вызовите module avail

Доступен на:  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля nwchem/6.6-cuda либо nwchem/6.6-openmpi

Сайт: http://www.nwchem-sw.org/index.php/Main_Page


Пакет OpenFOAM

На СК "Ломоносов" пакет собран в нескольких вариантах, но мы рекомендуем последнюю версию, установленную в каталог /opt/software/OpenFOAM-2.3.1. Предварительно необходимо загрузить модуль openfoam/2.3.1. Перед использованием пакеты необходимо выполнить команду source /opt/software/OpenFOAM-2.3.1/etc/bashrc.

Пакет собран с IntelMPI, поэтому при запуске используйте скрипт-обёртку impi.

На СК "Чебышёв" пакет установлен в каталогах /home/software/OpenFOAM (версия 1.7) и /home/software/OpenFOAM-2.1 (версия 2.1). Перед началом работы убедитесь, что в mpi-selector выбран профиль mvapich-intel-x86_64.

Доступен на:   Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/software/openfoam) Суперкомпьютер "Чебышёв" (/home/software/OpenFOAM-2.1)

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов-2" (/opt/software/)


Пакет Quantum Espresso 

Quantum ESPRESSO - интегрированный набор машинных кодов для вычислений электронной структуры . Программа основана на теории функциональной плотности, плоских волн, и псевдопотенциалах.

Версия: 5.0.2

Доступна версия пакета с поддержкой вычислений на GPU. Настроить
окружение для работы с пакетом можно следующими командами:
module load espresso/5.0.2
 
Используйте партицию gpu для работы с этим пакетом. Пакет собран с поддержкой Intel MPI.

Краткая инструкция по работе с программой есть в каталоге /opt/DOCS/espresso.

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля espresso/5.3.0

Сайт: http://www.quantum-espresso.org/


Пакет Turbomole

Пакет для решения задач квантовой химии ab initio. Тут - домашняя страница пакета. Информация по работе с пакетом на кластере "Ломоносов" - тут.

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/software/TURBOMOLE)


Пакет VASP

Vienna Ab-initio Simulation Package.

Для использования пакета загрузите модуль vasp.

Пример запуска: sbatch -p test -N 3 --ntasks-per-node 8 impi vasp_std

Программа установлена на Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/ccoe)

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля vasp/5.4.1-gpu либо vasp/5.4.1-cpu 


Пакет WIEN2k

Доступен на:   Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/wien2k/)

Сайт: http://www.wien2k.at/


Компиляторы GNU

набор компиляторов для различных языков программирования, разработанный в рамках проекта GNU. GCC является свободным программным обеспечением, распространяется фондом свободного программного обеспечения (FSF) на условиях GNU GPL и GNU LGPL и является ключевым компонентом GNU toolchain. Он используется как стандартный компилятор для свободных UNIX-подобных операционных систем.

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Характеристики компиляторов GNU

Сайт: http://gcc.gnu.org/


Компиляторы Intel (языки C/C++, Fortran77/Fortran90)

поддерживают и различные уровни оптимизации для 32-х и 64-х разрядных приложений в одном пакете, и технологию параллельного программирования OpenMP, что позволяет создавать эффективные программы для современных многоядерных процессоров. С компиляторами поставляется символьный отладчик Intel Debugger, который может работать в режимах совместимости с gdb или dbx и интегрируется с такими графическими оболочками для отладки, как ddd, Eclipse, Allinea. Отладчиком поддерживаются как многонитевые приложения OpenMP, так и написанные с использованием интерфейса native threads. Порожденные нити автоматически попадают под контроль отладчика, причем большинство его команд можно применять либо к одной, либо ко всем нитям одновременно.

Текущая версия: 12.0.

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля intel/14.0.3 либо intel/15.0.3   

Подробнее о средствах Intel - тут

Подробнее о компиляторах Intel

Характеристики компиляторов Intel
Сайт: http://software.intel.com/en-us/intel-mpi-library/


Intel VTune Amplifier XE 2011

новейший профилировщик производительности Inte VTune™ Amplifier XE создан на базе популярного анализатора производительности Intel. Он включает все функции Intel Parallel Amplifier, а также ряд дополнительных функциональных возможностей, специально предназначенных для разработчиков, которым нужен более комплексный подход

Доступен на: СКИФ-МГУ "Чебышев"   "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля intel/14.0.3 либо intel/15.0.3  

Подробнее о средствах Intel - тут

Текущая версия: 
Сайт:https://software.intel.com/ru-ru/intel-vtune-amplifier-xe


Библиотека Intel Math Kernel Library

широко используется для решения вычислительно сложных задач, где от платформ Intel требуется максимальная производительность. К функциональным возможностям этой библиотеки можно отнести модули линейной алгебры (BLAS, Sparse BLAS, LAPACK, Scalapack, FFTW и пакет Sparse Solvers), функции быстрых преобразований Фурье (FFT), векторные математические функции (VML), генераторы случайных чисел.

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля mkl/11.1.3

Подробнее о средствах Intel - тут

Текущая версия: 9.1("Чебышёв") и 11.2.0 ("Ломоносов")
Сайт: http://www.intel.com/cd/software/products/asmo-na/eng/perflib/mkl/


Библиотека ACML

AMD Core Math Library (Основная математическая библиотека AMD) — библиотека, выпущенная компанией AMD. Эта библиотека реализует поддержку полезных математических функций, оптимизированных под процессоры производства AMD, но хорошо работает и для процессоров Intel.

 Доступна на:   Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/acml4.4.0/)


Intel Composer XE

Инструменты для программирования кластеров объединены в пакет Intel Composer XE. Сюда входит библиотека Intel MPI, оптимизированная параллельная математическая библиотека Intel Cluster MKL и специальный инструмент Intel Trace Analyzer & Collector, предназначенный для создания эффективных масштабируемых параллельных программ.

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Подробнее о средствах Intel - тут

Текущая версия: 2015.0.090.
Сайт: http://www.intel.com/cd/software/products/asmo-na/eng/307696.htm


Intel MPI Library

Библиотека Intel® MPI Library повышает производительность приложений в кластерах на базе архитектуры Intel®, реализуя высокопроизводительную спецификацию MPI-2 в нескольких инфраструктурах. Благодаря использованию данной библиотеки обеспечивается максимальная производительность конечного пользователя даже при изменении или обновлении межкомпонентных соединений. При этом значительные модификации программного обеспечения или операционной среды не требуются. Воспользуйтесь этой высокопроизводительной библиотекой интерфейса прохождения сообщений для разработки программ, которые могут работать в нескольких кластерных коммуникационных соединениях, выбранных пользователем в процессе выполнения приложения. Корпорация Intel также предоставляет бесплатный комплект рабочей среды для продуктов, разработанных при помощи библиотеки Intel MPI. Обеспечьте себе наилучшую в своем классе эффективность работы высокопроизводительных вычислительных систем корпораций, подразделений, отделов и рабочих групп

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля impi/4.1.3.048 либо impi/5.0.0.028 

Подробнее о средствах Intel - тут

Текущая версия: 3.0.1 ("Чебышёв"), 5.0.1 ("Ломоносов")
Сайт: https://software.intel.com/en-us/articles/intel-mpi-library-documentation


PGI compiler

PGI Workstation -комплект компиляторов и инструментов для научных и инженерных целей. PGI Workstation доступен в редакциях для Fortran и C/C++. Включает в себя компиляторы Fortran 2003, FORTRAN 77,HPF для распараллеливания и оптимизации ПО,компиляторы OpenMP C++ и ANSI C. Компилятор C++ следует за ANSI-стандартом и поддерживает cfront версий 2 и 3. Все функции С++ совместимы с функциями Fortran и С. PGI Workstation включает в себя параллельного отладчика PGDBG OpenMP и MPI и компонент оптимизации профиля PGPROF, которые могут удалять баги и профилировать до восьми локальных MPI-процессов.Также содержит предварительно скомпилированную библиотеку передачи сообщений MPICH. Присутствует поддержка CUDA Fortran, ACML, OpenACC,  FMA4

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Версия: 12.9 (release notes)

Подробнее о PGI

Сайт: http://www.pgroup.com/


CUDA

Библиотека CUDA позволяет использовать ресурсы GPU NVidia.

Доступен на: Суперкомпьютер "ГрафИТ!"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля cuda/5.5 либо cuda/6.5   

Сайт: http://www.nvidia.ru/object/cuda-parallel-computing-ru.html


OpenMPI

Open MPI является наследником LAM/MPI и поддерживается консорциумом партнеров  из областей науки, разработчиков и производителей. OpenMPI – открытая бесплатная реализация технологии MPI-2. Она может использоваться для проведения параллельных расчётов на вычислительных кластерах.

  • полная поддержка MPI-2;
  • работа в  гетерогенной среде;
  • Поддержжка работы под управлением системы очередей;
  • Работа в 32- и 64-битных средах;
  • Высокая производительность на всех платформах;
  • Высокая переносимость;
  • Хорошая масштабируемость;

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Для Суперкомпьютер "Ломоносов-2" требуется загрузка модуля openmpi/1.8.4-icc

Сайт: http://www.open-mpi.org/


PathScale Compiler Suite

компилятор для архитектуры с высокой степенью оптимизации. Является развитием компилятора MIPSPro, созданного компанией для микропроцессоров MIPS R10000. Разработан американской компанией PathScale

Доступен на: Суперкомпьютер СКИФ МГУ "Чебышев"  Суперкомпьютер "Ломоносов"

Подробнее


TotalView

Проприетарный отладчик для языков Си Си++ и Фортран, который работает на UNIX-совместимых ОС и Mac OS X, на нескольких платформах. Он позволяет контролировать нити исполнения (потоки,thread), показывать данные одного или всех потоков, может синхронизировать нити через точки останова. В отладчик также интегрированы средства для нахождения утечек памяти (позже стал доступен также и в виде отдельной программы MemoryScape) и для отладки кучи (heap-based memory allocation). TotalView включает возможность проверки изменений во время отладки. Он поддерживает удаленную отладку, а также параллельные программы, использующие MPI, OpenMP, UPC, GlobalArrays. Установлен на значительном количестве суперкомпьютеров из списка top500. Отлаживает программы, написанные на Си, Си++, Фортран.

Для использования предварительно выполните загрузку модуля:

module load totalview

Доступен на:   Суперкомпьютер "Ломоносов"

Сайт: http://www.roguewave.com/products-services/totalview


Allinea DDT

Дебаггер Allinea DDT от компании Allinea Software предназначен специально для параллельных систем петафлопсных массштабов, то есть имеющих сотни тысяч процессорных ядер. Новая версия работает быстрее и более эффективна. Архитектура DDT такова, что время отклика пропорционально логарифму числа процессорных ядер. Тестировался и совершенствовался на реальных гигантских системах. Один из испытательных полигонов - суперкомпьютеры Cray XT5. Среди заказчиков - Министерство энергетики США.

Доступен на:   Суперкомпьютер "Ломоносов" (/opt/allinea/ddt)

Сайт:http://www.allinea.com/products/ddt/


ScaLAPACK

ScaLAPACK (Scalable Linear Algebra PACKage) — библиотека с открытым исходным кодом, включающая в себя подмножество процедур LAPACK, переработанных для использования на MPP-компьютерах, включая: решение систем линейных уравнений, обращение матриц, ортогональные преобразования, поиск собственных значений и др. В настоящее время она написана в стиле Single-Program-Multiple-Data с помощью явной передачи сообщений для межпроцессорного взаимодействия.

ScaLAPACK разработана с использованием PBLAS и BLACS, и предназначена для вычислений на любом компьютере или кластере поддерживающим MPI или PVM. Альтернативой ScaLAPACK является пакет функций PLAPACK.

Версия: 20120718

Доступна на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Сайт: http://www.netlib.org/scalapack/


ATLAS

ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) - библиотека, позволяющая автоматически генерировать и оптимизировать численное программное обеспечение для процессоров с многоуровневой организацией памяти и конвейерными функциональными устройствами. Базируется на BLAS 3 уровня (Level 3). ATLAS требует некоторого времени для изучения основных параметров архитектуры целевого компьютера, а затем на основе этих параметров получает "оптимальный" код.

Библиотека разработана в Argonne National Laboratory/MCS division. Распространяется бесплатно.

Доступна на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Сайт: http://math-atlas.sourceforge.net/


BLAS

BLAS (англ. Basic Linear Algebra Subprograms — базовые подпрограммы линейной алгебры) — стандарт де-факто интерфейса программирования приложений для создания библиотек, выполняющих основные операции линейной алгебры, такие как умножение векторов и матриц. Он был впервые опубликован в 1979, и использован для создания бо́льших пакетов, например LAPACK. Интенсивно используемые в высокопроизводительных вычислениях, высокооптимизированные реализации интерфейса BLAS были разработаны производителями аппаратного обеспечения, такими как Intel, а также другими авторами (например, ATLAS — переносимый самооптимизирующийся BLAS). Тест LINPACK Benchmark в своей работе основывается в большой степени на DGEMM, подпрограмме BLAS.

Доступна на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Сайт: http://www.netlib.org/blas/


LAPACK

LAPACK (Linear Algebra PACKage) — библиотека с открытым исходным кодом, содержащая решатели основных задач линейной алгебры. Написана на языке Fortran с использованием другой библиотеки BLAS.

Доступна на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Сайт: http://www.netlib.org/lapack/


FFTW

Библиотека FFTW является набором модулей на языках Си и Фортран для вычисления быстрого преобразования Фурье (БПФ). FFTW позволяет работать как с действительными, так и с комплексными числами, с произвольным размером входных данных, т.е. с длиной данных, не обязательно являющейся числом, кратным 2n. Библиотека также включает модули параллельной обработки БПФ, которые позволяют использовать ее на многопроцессорных машинах с общей и распределенной памятью. 

Дополнительная информация 

Доступна на Суперкомпьютер "Ломоносов"

Сайт: http://www.fftw.org/