КЛАСТЕР

Конфигурация суперкомпьютера СКИФ МГУ "Чебышев"

В данный момент для пользователей доступны кластеры:

• СКИФ МГУ (2xIntel Xeon E5472 3.0 ГГц, Infiniband). Разделы(очереди):

  Раздел	ядер	память	диски	max проц-часов	max задач	max запущенных
  regular	4152	8 ГБ (1 ГБ/ядро)	нет	20000	50	20
  hdd	520	8 ГБ (1 ГБ/ядро)	есть	3120	10	5
  hddmem	256	16 ГБ (2 ГБ/ядро)	есть	1536	10	5
  bigmem	64	32 ГБ (4 ГБ/ядро)	есть	384	5	3
  test	80	8 ГБ (1 ГБ/ядро)	нет	20000	10	10

"max проц-часов" означает лимит процессоро-часов на пользователя. Процессоро-часы для задачи - произведение числа занятых ядер и затребованного времени для задачи в часах. Сумма процесоро-часов запущенных пользователем задач не может превышать этот лимит.

"max задач" - максимальное число задач пользователя в очереди, включая запущенные.

"max запущенных" - максимальное число запущенных задач пользователя.

Для очереди test лимит времени на одну задачу - 15 минут. Для остальных разделов - 3 суток. Доступ к общей очереди (main) закрыт для пользователей по умолчанию. Если у Вас есть необходимость использовать все ресурсы СКИФ, обратитесь с заявкой к Вл.В. Воеводину (voevodin@parallel.ru).

Для запуска однопроцессорных или OpenMP-задач можно воспользоваться опцией команды mpirun -t ppn=X, где X - число требуемых ядер на узел. Ключом -np задаётся число MPI-процессов. Например, ppn=1 означает запуск одного MPI-процесса на узел, а ppn=2 - одного процесса на физический процессор.

Для запуска openmpi и IntelMPI-программ указывайте профиль openmpi и intel соответственно.

Напоминаем, что указать профиль можно ключом -as команды mpirun.

На кластере СКИФ МГУ доступны следующие компиляторы:

• Intel Compilers 11.0. (C,C++,Fortran77/90,95) Команды: icc, ifort
• Portland Group Inc. Compilers 7.2-3 (C,C++,Fortran77/90,95) Команды: pgcc, pgCC, pgf77, pgf90, pgf95
• PathScale Compiler Suite: Version 3.2 (C,C++,Fortran90/95) Команды: pathcc, pathCC, pathf90, pathf95
• GNU 4.1.2 (C,C++,Fortran) Команды: gcc, gfortran

Для компиляции параллелных программ используйте программы:

• mpicc/mpicxx/mpif77/mpif90

Для настройки компилятора и версии MPI, с которыми хочет работать пользователь, необходимо воспользоваться утилитой mpi-selector:

• mpi-selector --list даст список доступных вариантов;
• mpi-selector --set <name> установит выбранный вариант;
• по умолчанию скрипты mpicc/mpicxx, mpif77/mpif90 работают с компилятором Intel и вариантом MPI mvapich.

После вызова mpi-selector --set необходимо открыть новую сессию на кластер - новые настройки заработают только в новой сессии.

Для компиляции программ, использующих технологию OpenMP, необходимо указать опцию соответствующего компилятора:

• gcc/gfortran: -fopenmp
• icc/ifort: -openmp
• pgcc/pgCC/pgf77/pgf90: -mp

На кластере СКИФ МГУ доступны следующие пограммы и библиотеки:

• Intel MKL; Рекомандуем использовать инструмент MKL Link Advisor,
• Intel TBB,
• PC-GAMESS,
• FlowVision.